本校創於民國35年5月6日，原為新竹市立新竹初級中學竹東分校，校址即今竹東國民中學現址，37年校名為新竹市立竹東初級中學，並派蘇瑞麟先生為首任校長。
民國39年，校名改為新竹縣立竹東初級中學，本校棒球隊連續稱霸全省。
民國40年，為因應學校發展需要選建於竹東鎮鳳陽山麓現址，並試辦高中。
民國42年，核定增設高中部，成為完全中學，校名改為新竹縣立竹東中學，為社會中心教育實驗學校，這是我國教育史上的創舉，也是當時國際知名的實驗學校。
民國44、45年初中排球冠全省。
民國45年，新竹縣試辦初中免試升學，本校續設二重﹙今二重國中﹚、橫山﹙今橫山國中﹚、華山﹙今華山國中﹚三所分校，及女生部﹙今竹東國中﹚與尖石﹙今尖石國中﹚、五峰﹙今五峰國中﹚兩分班。
民國47年，本校附設實用技藝訓練中心，招訓社會青年，授以一技之長。
民國50年，升格為台灣省立竹東高級中學。
民國56年，陳漢宗先生接掌本校，陳校長銳意改革，培養讀書風氣，實施早自習、午休、榮譽班制。
民國58年，設置夜間高級補習學校，教育失學青年。民國六十三年，招收一年級商科新生，為本校辦理商科之開端。
民國64年，汪洋先生接掌本校，汪校長極重視科學教育，興建科學館，鋪設運動場的排水設施與改建司令台及擴建文化走廊。
民國71年，郎致運先生接掌本校，拓寬校門口之道路，加強硬體及軟體之建設。
民國78年，何維清先生接掌本校，到任後積極美化校園，升學率年年提昇，民國八十二年邁進三十年來之新高。
民國82年，省府派李逢周先生接掌本校，李校長任內先後完成新校門廣場中庭荷花池之整建及動工興建學生活動中心。
民國84年，省府派吳勝國先生接掌本校，全校供電系統、飲水系統重新配設、學生活動中心啟用、普通教室增建為四樓，改建為教學資源中心。
民國89年，改隸更名為國立竹東高級中等學校。
民國90年，洪永吉先生接掌本校，任內完成教室冷氣化、辦公室行政電腦化、各學科專科教室化、綜合運動場PU化、行政大樓及教務處大樓景觀化。成立東中藝廊，並設置全國高中職校第一座客家文化中心， 及服務社區的網路中心， 亦完成全校供電系統之抽換。成立拳擊隊，三度代表國家參與世界拳擊大賽。管樂隊亦曾榮獲全國音樂比賽高中職組管樂合奏特優第一名。
民國94年，江家珩校長接掌本校，江校長以造就「會讀書、會做人，善用時間、體魄強健」的東中學子為目標，期許東中在穩定中求發展，在進步中求精緻。
民國98年，徐文淞先生接掌本校，為本校第十任校長。徐校長凝聚師生、家長、校友意見，共同訂定「一所具有人文特色的友善校園」為學校願景，並以「人文關懷、品格教育、藝術素養、終身學習」為校務發展四大主軸方向。期間全校建立無線網路環境，班班E化教學現代設備、文化走廊、生態池教學空間，及搬遷行政大樓等項最受矚目重視。繁星計畫升學成績亮眼，連續10年榮獲新竹區第1名；音樂比賽表現亦非常傑出，管樂、合唱、國樂皆為新竹縣第1名。徐校長於103學年度榮獲杏壇芬芳獎及榮獲innoschool學校經營等獎項鼓勵。
民國106年，徐文淞校長榮退，由彭德和秘書奉派代理校長，期間爭取設置自造實驗室，積極規劃教學大樓電力改善，並完成徐文淞校長任內積極爭取的中央廚房之建置。
民國106年，由林桂鳳校長接掌本校第十一任校長， 到任後積極推動108課綱規劃，凝聚師生共識，訂定「追求多元智能、樂學創新、尊重關懷，具國際視野的全人學校」為發展願景，並積極爭取經費改善充實學校軟硬體設備：於106年底完成高三導師及專任教師辦公室裝修，107年底完成國防教室和國樂教室、國文科、英文科、學生及校長宿舍裝修、至善樓南面四間廁所美化，108年更換全校學生課桌椅、完成操場跑道及球場重新鋪設、南大門擴建及往至善樓坡道圍牆整建、更新學生宿舍電力及全校廣播系統、完成明倫堂、國際會議廳、簡報室、階梯教室、團膳室之裝修及整建、至善樓及教學大樓八間廁所美化工程、東中藝廊空間裝修；109年完成自主學習教室(一)、(二)、資源班教室、語言教室(一)、(二)、校門之裝修及整建；110年完成全校欄杆、停車場、人文書坊之裝置及整修，並完成教學大樓崇德樓、敬業樓之耐震補強工程等，且向教育部爭取110年新興工程9千餘萬元，用於藝能館拆除重建。。此外於107學年度獲得高中優質化計畫「優等」通過、「教育部12年國民基本教育自然科學探究與實作基地學校」、「教育部系統化課綱導向素養課程試辦學校」等殊榮。本校堅實之行政團隊，自107年起至110年協助教育部國民及學前教育署承辦北區原住民學生青年領袖培育營，108年承辦北區全國校長會議，109年承辦北區全國學務主任會議，及接任全國學務資源中心。
民國110年，由李詩慶校長接掌本校第十二任校長，於111、112年繼續承辦北區全國學務工作會議、學務資源中心、原住民領袖培訓營(初階)等國教署委辦工作，112年承辦竹苗區國中教育會考試務工作，並於112年完成學校汙水處理工程，於113年2月退休。
民國113年2月，由彭德和秘書代理校長，恢復與扶輪社合辦之職涯探索講座、籌組歷屆家長會長聯誼會、並賡續辦理因疫情停滯4年的韓國姊妹校20年的交流互訪、承辦北區原住民學生青年領袖培育營。
民國113年8月，由詹文克校長接掌本校第十三任校長，賡續承辦北區全國學務主任會議，並積極鼓勵師生參與各項競賽，其中參加韓國國家海洋生物多樣性研究所(MABIK)第六屆MABIK科學博覽會獲得第三名佳績及交通部辦理113年金安獎。
